Perkasa, Agung, Suci, bagi para generasi muda. Legenda dari lima Guardian's tersebar di seluruh tanah Ninja. Guardian's ini dikatakan memiliki kekuatan tak terbayangkan. Dengan kelima kekuatan yang berbeda mereka menggabungkannya, lebih dari cukup untuk menghancurkan Daratan. Satu-satunya bukti keberadaan Guardian's adalah saat Perang Besar Shinobi, perang yang hampir memusnahkan masing-masing Clan. Kage lima Desa besar Api, Bumi, Angin, Air dan Petir mengunakan kekuatan Guardian's untuk membawa perdamaian dan sebagainya di tanah mereka. Sebuah peristiwa bersejarah di mana setiap orang menjadi saksi. Mereka melihat kelima Guardian's dipanggil oleh para Kage, yaitu : Phoenix Flame of Ra, Medussa the Sea Serpent, Great Wind Kabuto, Sodom of the Sand dan Lightning Ape Kong.
Akhir perang, para Kage mengunakan Guardian's mereka. Para Kages setuju untuk menyegel Guardian's mereka dalam Sealing Scrool yang tersembunyi di kuil yang dibangun di dekat masing-masing desa. Sepuluh tahun kedamaian berlalu, kisah para Kage & Guardian's agak terlupakan. Tetapi bayangan yang tersembunyi dalam kegelapan akan memecah kesunyian ini dan sekali lagi berusaha untuk membawa kekacauan ke atas Daratan, mencuri semua lima Sealing Scrool dari desa-desa besar. Banyak yang percaya bahwa yang akan membawa perdamaian di Daratan ninja ini adalah seorang Ninja Muda dari desa Api. Apakah Ninja Muda itu... Anda?